Фамилия Янышаев заставляет задуматься в первую очередь о корне. На слух она кажется тюркской, и это верное направление. Основа «Яныш» — это диалектный вариант тюркского имени Яныш, которое, в свою очередь, восходит к слову «ян» (душа) или «яны» (новый, свежий). Таким образом, имя Яныш могло означать «родная душа» или, по другой версии, «обновлённый», «возрождённый». Встречается и мужское имя Яныш у татар, башкир и других тюркских народов Поволжья и Урала, где оно могло быть уменьшительной формой от более длинных имён.

Модель образования фамилии типична для русской среды, адаптировавшей иноязычную основу. Суффикс «-ев» указывает на принадлежность: Янышаев — сын Яныша. Интересно, что в татарской и башкирской традиции фамилии с таким суффиксом (а не с тюркскими «-ов» или «-ин») часто возникали при контакте с русскими переписчиками и чиновниками, которые русифицировали местные имена по привычной модели. Поэтому носители фамилии Янышаев — это, скорее всего, потомки татар, башкир или мишарей, чей предок носил имя Яныш.

Географически фамилия тяготеет к регионам расселения татар и башкир: Татарстан, Башкортостан, Оренбургская и Челябинская области. Встречается она нечасто, что говорит о её локальном происхождении. Сравните с более распространёнными однокоренными фамилиями: Янышев, Янышов. Разница в суффиксе («-ев» против «-ов») может указывать на разную эпоху фиксации или на разное произношение в конкретном говоре.

Социальный контекст прост: предки Янышаевых — крестьяне, ремесленники или служилые люди (например, ясачные татары, нёсшие повинности). Никакого дворянства или купечества в этой фамилии исторически не прослеживается. Это типичная «патронимическая» фамилия, возникшая в XVIII-XIX веках, когда у нерусского населения массово закреплялись фамилии по отцу.