Мужское крестильное имя Иоанн в переводе с древнееврейского означает «Бог помиловал». В основу фамилии лег польский вариант этого имени — Ян, а точнее — его производная форма - Янюшок. Скорее всего, основатель рода Янюшкиных был выходцем из рабочей или крестьянской среды. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Янюшок, со временем получил фамилию Янюшкина.