Фамилия Янюшев — редкая и довольно поздняя по происхождению, её основа восходит к крестильному имени Иоанн (Иван) в одной из его западнорусских или украинско-белорусских форм. В отличие от массовой фамилии Иванов, образованной от полной формы имени, Янюшев использует уменьшительно-ласкательный вариант Янюша, который бытовал в говорах западных регионов. Суффикс -ев указывает на принадлежность: «чей?» — Янюшев, то есть сын или потомок Янюши.

Само имя Янюша — это производное от Иван через цепочку: Иоанн → Иван → Янь → Янюша. Такая модель характерна для польского, белорусского и украинского языков, где звук «я» часто заменял начальное «и» (сравните: Януш, Янек). Поэтому географически фамилия Янюшев скорее всего зародилась на территории современной Беларуси, западных областей России (Смоленщина, Брянщина) или в пограничье с Польшей. В центральных и северных русских землях подобная форма встречается реже.

Ономастические словари (например, работы Б. Унбегауна) отмечают, что фамилии на -юшев (-ушев) образуются от гипокористик (сокращённых имён) на -юша. Янюша могло быть не только именем, но и прозвищем — ласковым обращением к младшему или просторечным именованием человека по имени Иван. В документах XVI–XVII веков подобные формы встречаются в актах Великого княжества Литовского, что подтверждает западный след.

Социальный состав носителей фамилии Янюшев, скорее всего, был крестьянским или мещанским. Дворянские роды с такой фамилией не фиксируются в гербовниках, а значит, предки были либо вольными землепашцами, либо посадскими людьми. В современной России фамилия остаётся малочисленной — по данным открытых телефонных справочников, основные очаги расселения приходятся на Татарстан, Башкортостан и Оренбургскую область, что может быть следствием миграций крестьян в XVIII–XIX веках на восток.

Отдельно стоит отметить, что написание через «ю» (Янюшев, а не Янышев) не случайно: оно сохраняет мягкость корня. Если бы фамилия образовалась от прозвища Яныш (тюркского или финно-угорского происхождения), она выглядела бы как Янышев. В данном случае славянская этимология более убедительна, хотя полностью исключать влияние местных языков при миграциях нельзя.