Фамилия Яполин — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В ней нет привычного славянского суффикса -ов/-ев, а окончание -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Яполин, то есть человек из рода Яполи. Но что стоит в основе — имя, прозвище или географическое название — вопрос, на который нет однозначного ответа.

Самая прямая версия ведёт к личному имени Яполий. Это мужское имя, хоть и редкое, встречается в православных святцах, но в русской традиции почти не прижилось. Если в основе лежит оно, то фамилия Яполин — это отчество: «сын Яполия». Однако имя могло быть не каноническим, а мирским, или вовсе заимствованным из другого языка, например, из греческого или латыни через церковные книги.

Другая, менее очевидная гипотеза, связывает фамилию с прозвищем Япола. Такое прозвище могло возникнуть от диалектного слова «яплый» — быстрый, проворный, или от глагола «япить» (в некоторых говорах — хватать, хапать). В таком случае Яполин — это «внук» или «потомок» человека по прозвищу Япола. Но эта версия спекулятивна: ни в словаре русских народных говоров, ни в ономастических справочниках (например, у Веселовского или Никонова) основа «япол-» не фиксируется.

Возможно, фамилия имеет неславянское происхождение. Окончание -ин характерно и для фамилий из финно-угорских языков, где -ин — не суффикс, а часть корня. В таком случае Яполин могло возникнуть от названия местности или реки, например, Яполь, Япола. Но и здесь подтверждений нет: топонимов с таким корнем на картах России не обнаружено.

География фамилии очень узкая. По данным открытых источников, Яполины встречаются в основном на Урале и в Зауралье, единично — в центральных областях России. Это наводит на мысль, что фамилия могла возникнуть в среде староверов или переселенцев, которые принесли с собой редкое имя или прозвище.

Спорных версий здесь больше, чем твёрдых фактов. Наиболее правдоподобным выглядит происхождение от имени Яполий — через церковную книжную традицию, которая давала редкие имена, не вошедшие в массовый обиход. Фамилия осталась локальной и не получила широкого распространения, что и делает её загадочной.