Фамилия Яргин — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Её основа не лежит на поверхности, и чтобы понять, откуда она взялась, нужно разобрать несколько возможных корней.

Самая вероятная версия — топонимическая. В России есть несколько рек с названием Ярга, например, в бассейне Онеги и в Карелии. Фамилия Яргин могла образоваться от прозвища человека, жившего на берегу такой реки или выходца из местности Ярга. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Яргин, то есть «сын человека по прозвищу Ярга». Такая модель образования типична для северных и поморских фамилий, где названия по рекам и урочищам встречаются часто.

Вторая версия связывает фамилию с диалектным словом «ярга». В некоторых говорах русского севера и Урала так называли овчину, выделанную кожу, а также — в переносном смысле — лохматого, неухоженного человека или, наоборот, того, кто занимался выделкой шкур. Прозвище Ярга мог получить кожевник или просто человек с густой, косматой шевелюрой. От него и пошла фамилия.

Менее убедительно выглядит связь с тюркским словом «яр» (обрыв, берег) или «яргы» (судья, приговор) — скорее всего, это случайное созвучие, так как географическое распространение фамилии Яргин тяготеет к русскому Северу, а не к южным или восточным регионам с тюркским населением.

Встречается фамилия в основном в Архангельской, Вологодской областях и в Карелии — то есть именно там, где протекают реки Ярга и где бытовало слово «ярга». Это косвенно подтверждает, что предки носителей фамилии были либо крестьянами-поморами, либо жителями северных деревень, чьё прозвище или место жительства дало начало родовому имени.