Фамилия Ярханов — одна из тех, где корень звучит непривычно для русского уха, но при ближайшем рассмотрении укладывается в знакомую словообразовательную модель. Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую фамилию: её давали по отцу, деду или прозвищу. Вопрос в том, что скрывается в основе «Ярхан».

Наиболее вероятная версия связывает фамилию с тюркскими языками. В них «яр» или «йар» означает «обрыв», «берег», «овраг», а также «друг», «возлюбленный». Частица «хан» — всем известный титул правителя или военачальника. Вместе «Ярхан» могло быть составным личным именем или прозвищем, которое в тюркской среде давали человеку с определёнными качествами: например, «властитель берега» или «хан-друг». Учитывая, что фамилия встречается в регионах Поволжья, Приуралья и Сибири, где исторически жили татары, башкиры и другие тюркские народы, эта этимология выглядит убедительно. При переходе в русскую среду имя Ярхан легко обрастало суффиксом -ов, превращаясь в фамилию.

Менее распространённая, но возможная версия — связь с диалектным русским словом «яркий» или «ярый». Однако в этом случае основа выглядела бы как «Ярков» или «Яркин». Форма «Ярхан» для чисто славянского корня слишком специфична, поэтому тюркское происхождение предпочтительнее.

В русских письменных источниках фамилия Ярханов фиксируется с XIX века, в основном в документах Оренбургской и Уфимской губерний, а также среди казачества. Носители фамилии часто были крестьянами или служилыми людьми. Сословной элиты среди Ярхановых, судя по доступным данным, не было — фамилия оставалась в народной среде, что делает её типичным примером адаптации тюркского имени в русской антропонимической системе.