Фамилия Ярмакеев — редкий пример, где угадывается тюркское происхождение, но точное значение исходного имени до сих пор вызывает споры. Она образована по стандартной русской модели: к основе Ярмакей прибавили суффикс -ев, который в этом случае указывает на принадлежность («чей?» — сын Ярмакея). Встречаются варианты написания через «о» — Ярмакоев, но они единичны и связаны, скорее всего, с диалектной акающей речью.

Самая вероятная версия возводит фамилию к татарскому или башкирскому мужскому имени Йәрмәкәй (Ярмакей). Это имя — уменьшительная форма от Йәрмәк (Ярмак), которое, в свою очередь, восходит к слову «йәрмәк» — «просо», «пшено». В тюркской антропонимии названия злаков нередко давали детям как пожелание сытости и достатка. Таким образом, Ярмакей — что-то вроде «пшеничка», «кормилец». Суффикс -кей/-кай характерен для ласкательных имён в татарском языке, поэтому имя могло звучать как «дорогой Ярмак».

Менее убедительна, но тоже встречается версия, связывающая основу с тюркским «яр» — «обрыв», «берег». Сторонники этой гипотезы предполагают, что прозвище Ярмакей давали человеку, жившему у крутого берега. Однако против этого говорит наличие уменьшительного суффикса: прозвища по месту жительства редко получают такую форму. Поэтому версия с «пшеном» выглядит значительно правдоподобнее.

Географически фамилия Ярмакеев тяготеет к регионам с давним татарским и башкирским населением — Оренбургская, Челябинская области, Башкортостан, Татарстан. Встречается она и среди крещёных татар (кряшенов), у которых такие фамилии фиксировались ещё в XVIII–XIX веках при переходе в православие. Сословно носители фамилии могли быть как государственными крестьянами, так и служилыми татарами, но массовых данных о дворянстве Ярмакеевых нет — это фамилия преимущественно крестьянская и мещанская.

Интересно, что фамилия избежала массовой русификации окончаний: в отличие от многих тюркских фамилий, она не превратилась в Ярмаков или Ермаков. Сохранение мягкого «кей» в основе указывает на то, что носители долго помнили исходное имя и не дали ему слиться с более распространённым Ермаковым (от имени Ермак).