Фамилия Ярофеев — один из тех случаев, когда буква «я» в начале сбивает с толку. На слух она кажется редкой или даже иноязычной, но на деле перед нами типичная отчество-патронимическая фамилия, образованная от канонического имени Иерофей. В народном произношении имя Иерофей (греческое Hierotheos — «священный бог») быстро редуцировалось: начальное «и» перешло в «я» под влиянием аканья и упрощения, а «ф» вместо «θ» (фиты) закрепилось в разговорной речи. Получилось Ярофей — отсюда и фамилия.

Модель образования простая: суффикс -ев присоединился к основе Ярофей-. Это стандартный способ создания русских фамилий от имён, оканчивающихся на -ей, -ай, -ий (ср. Андреев, Тимофеев). Ударение в фамилии падает на третий слог — Ярофе́ев, что соответствует ударению в исходном имени Иерофе́й.

Фамилия зафиксирована в разных регионах, но заметна её концентрация на северо-западе России — в Новгородской, Псковской, а также в Вологодской областях. Это не случайно: именно в северных говорах дольше сохранялось произношение «Ярофей» вместо книжного «Иерофей». Встречается и вариант написания через «а» — Ярафеев, что отражает то же аканье, но уже на письме.

С точки зрения социальной истории, Ярофеевы — это почти всегда крестьяне или посадские люди. Дворянских родов с такой фамилией не прослеживается; имя Иерофей было распространено в простонародье, особенно в XVI–XVII веках. В сводах боярских и служилых книг оно почти не встречается, зато в писцовых книгах и ревизских сказках — постоянно. Так что предки современного Ярофеева, скорее всего, были землепашцами или ремесленниками, а сама фамилия — прямое указание на то, что отца семейства звали Ярофеем.