Фамилия Ярофенко — яркий представитель украинской модели образования фамилий, а именно «патронимической» группы. Суффикс -енко (в безударной позиции часто переходящий в -енко) в украинской ономастике означает «маленький» или «потомок». Если фамилия заканчивается на -енко, это почти всегда прямой ответ на вопрос «чей?»: сын такого-то человека. В данном случае — сын или потомок человека по имени или прозвищу Ярофей.

Основа «Ярофей» — это просторечная, народная форма канонического христианского имени Иерофей. Имя греческого происхождения, от hierós (священный) и theós (бог), то есть «освящённый Богом» или «священнослужитель». В русской и украинской народной среде сложные греческие имена часто упрощались: Иерофей превращался в Ерофей, а затем и в Ярофей (под влиянием корня «яр-», ассоциировавшегося с силой, яркостью, весенним солнцем). Таким образом, Ярофенко — это «сын Ярофея», а сам Ярофей — человек, носивший когда-то имя Иерофей.

Интересная деталь: в отличие от фамилий с суффиксом -ов/-ев, которые в основном закрепились за великорусским дворянством и крестьянством центральной России, фамилии на -енко исторически доминировали на территории Левобережной и Слободской Украины, а также в южнорусских областях (Курская, Воронежская губернии). Поэтому носители фамилии Ярофенко, скорее всего, имеют корни в казацкой или крестьянской среде этих регионов. Родственными, но образованными по другой модели, будут фамилии Ярофеев (русская форма) или Ерофеенко (с более книжной основой).

Что касается сословной принадлежности, фамилии на -енко в XVIII-XIX веках были массовыми у казаков и государственных крестьян. Дворян среди Ярофенко практически не встречается — украинская шляхта чаще носила фамилии на -ский или -ович. Так что предки современного Ярофенко — это, вероятно, свободные землепашцы или реестровые казаки, чья фамилия зафиксировала имя их родоначальника, жившего, возможно, ещё в XVII веке.