Фамилия Ярофеева — женская форма от Ярофеев, образованная по стандартной русской модели с суффиксом -ев. Основа здесь — имя Ярофей, которое является народной, обиходной формой канонического имени Иерофей. Разница между книжным и простонародным произношением в дореволюционной России была велика: начальное «Ие-» в живой речи часто стягивалось в «Я-», а «ф» и «х» менялись местами по законам диалектного произношения. Так Иерофей превращался в Ярофея, а отчество — в фамилию.

Имя Иерофей греческого происхождения (hieros — священный, theos — бог) и переводится как «освящённый богом» или «священнослужитель». В святцах оно встречается редко, поэтому и фамилия Ярофеева не относится к числу массовых. В основном она бытовала в центральных и северных губерниях России, где имя Ярофей было более употребительно, чем в южных регионах.

Словообразовательная модель здесь проста и прозрачна: суффикс -ев присоединялся к основе, оканчивающейся на мягкий согласный или «й» (Ярофей — Ярофеев). Это типичный патроним — фамилия, указывающая на отца по имени. Если же рассматривать вариант Ярофеева без ударения на первый слог, то есть вероятность, что в некоторых говорах фамилию могли записать от прозвища Ярофей, связанного с прилагательным «ярый» (горячий, ретивый), но это вторичная, менее надёжная версия. Первичным источником остаётся церковное имя.

Таким образом, предки носительницы фамилии Ярофеева, скорее всего, были крестьянами или мещанами, чей отец или дед носил имя Ярофей. Фамилия не указывает на принадлежность к дворянскому сословию — у знати чаще встречались фамилии на -ский или более редкие книжные варианты. Встречаются написания с одной «ф» (Яроеев) — результат упрощения в устной речи, но нормативным для документов считается вариант с двумя «ф».