Фамилия Ящеро — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение неочевидно. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий, она не заканчивается на -ов, -ев, -ин или -ский. Финаль -о указывает на возможное украинское или белорусское влияние, где такие формы (например, Ященко, Ящук) встречаются чаще, но с другим суффиксом. Однако здесь мы видим чистую основу «ящер-» без типичного славянского патронимического суффикса, что делает фамилию похожей на прозвище, застывшее в именительном падеже.

Самая прямая версия — прозвище Ящеро. В русских говорах «ящер» — это не только пресмыкающееся, но и диалектное название для проворного, юркого человека, возможно, с намёком на хитрость или неуловимость. В некоторых областях «ящером» называли и человека с необычной внешностью, например, с холодными глазами или резкими чертами. Такое прозвище могли дать охотнику, рыбаку или просто человеку, который умел быстро ускользать от неприятностей. В пользу этой версии говорит и то, что фамилии от названий животных, птиц и рыб (Волк, Заяц, Щука) — один из древнейших пластов русских прозвищ, часто без суффиксальной обработки.

Менее вероятная, но допустимая гипотеза — связь с языческим именем или обережным прозвищем. В древности «ящер» (или «ящур») мог быть тотемным существом, и имя Ящеро давали ребёнку, чтобы отпугнуть злых духов или передать ему силу этого животного. Однако документальных подтверждений такого имени в славянских источниках почти нет, в отличие от имён типа Змей или Волк. Поэтому эта версия остаётся спекулятивной, и основная — прозвищная.

Географически фамилия Ящеро встречается крайне редко и преимущественно на западе России, а также в Беларуси и на Украине. Это подтверждает её нерусское окончание: в польском или украинском языке форма «Ящеро» могла возникнуть как усечённый вариант от более длинной фамилии (например, Ящеровский или Ящеренко), но в таком случае она бы сохранила суффикс. Скорее всего, перед нами пример фамилии-прозвища, которая не прошла через стандартную «кабинетную» русификацию, а осталась в народном виде. Носитель такой фамилии мог быть потомком человека, которого в деревне знали как «Ящеро» — за быстроту, цепкость или необычную внешность.