Фамилия Ящера — редкий случай, когда за основу взято не имя, не профессия и не черта характера, а животное, причём не домашнее и не промысловое. Ящером в древнерусских говорах называли не только пресмыкающееся, но и мифическое существо — змея, дракона или даже водяного духа. В некоторых диалектах «ящер» означало «хищный зверь» (например, медведь или волк), но это значение было локальным и быстро вытеснилось современным.

Словообразовательная модель здесь простая и архаичная: основа «ящер» плюс окончание -а. Такая форма встречается у фамилий, которые застыли в виде прозвища без дополнительных суффиксов принадлежности (-ов, -ин). Это указывает, что фамилия могла сложиться в среде, где прозвище носителя (Ящера) перешло к потомкам напрямую, без переоформления. Чаще всего так происходило на севере и северо-востоке Руси — в новгородских и вятских землях, где прозвищные фамилии без патронимических суффиксов держались дольше.

Кем мог быть предок по прозвищу Ящера? Вероятнее всего, человек получил его за внешность или повадки: худой, юркий, с быстрыми движениями, с необычным разрезом глаз или чешуйчатой кожей (например, после оспы). Менее вероятно, что прозвище связано с ремеслом — ящериц не ловили, не разводили и не использовали в хозяйстве. Но в народной культуре ящер считался существом тёмным, связанным с нижним миром, поэтому прозвище могло даваться колдуну, знахарю или просто нелюдимому человеку.

Фамилия Ящера не попала в основные своды русских фамилий — её нет ни в словаре Унбегауна, ни в работах Никонова по географическому распределению. Это говорит о крайней редкости: носителей, скорее всего, единицы, и фамилия не вышла за пределы одного рода или локальной группы. Встречается она преимущественно в единичных записях на Урале и в Сибири — туда могли переселиться крестьяне с Русского Севера, принеся с собой необычное родовое прозвище.

Сравните с однокоренными фамилиями: Ящеров, Ящеркин, Ящерков. Все они образованы от той же основы, но с разными суффиксами. Ящера стоит особняком — это не «сын Ящера» (как Ящеров), а сам Ящера, прозвище, ставшее фамилией в первозданном виде. Такие формы — ценная находка для историка языка: они сохранили то, что в других фамилиях стёрлось суффиксами.