Фамилия Ящишена — одна из тех, что с первого взгляда ставит в тупик. На слух она кажется то ли украинской, то ли польской, то ли вообще искусственной. Но если присмотреться к словообразованию, всё становится на свои места: это типичная русская фамилия, образованная по модели притяжательных прилагательных с помощью суффикса -ин, но с характерным диалектным или просторечным окончанием.

Основа фамилии — Ящишен. Это прозвище или, что вероятнее, отчество от имени Ящиша. В русских говорах, особенно на юге и западе, существовала уменьшительная форма Ящиша от канонического имени Яков (просторечное Яшка). Суффикс -иш- в таких формах (ср. Павлиша, Ваниша) придавал слову оттенок ласкательности или, наоборот, пренебрежения — в зависимости от контекста. Таким образом, Ящиша — это «маленький Яша» или «Яшка». А Ящишен — сын Ящиши. Фамилия Ящишена — это форма женского рода (чьей? — Ящишены), которая в русской традиции могла закрепиться за семьёй, если главой двора была вдова или если фамилия писалась по материнской линии. Впрочем, в ряде регионов (например, в Черноземье) окончание -а было нормой для всей семьи, независимо от пола.

Географически фамилия редкая, её очаги — южнорусские области (Курская, Воронежская, Белгородская губернии), где диалектное произношение с «я» вместо «е» (Ящишен вместо Ещишен) было обычным делом. Встречаются и варианты написания: Ящишин, Ящишенко — последний уже явно украинский, с суффиксом -енко, указывающим на потомка. Но форма Ящишена — именно русская, с окончанием, которое фиксирует принадлежность к конкретному роду.

В словарях фамилия не зафиксирована, что говорит о её локальном бытовании. Скорее всего, предки носителя этой фамилии были крестьянами или однодворцами из южнорусской полосы. Никакой связи с «ящиком» или ремеслом здесь нет: это чисто антропонимическая конструкция, где за неказистым на первый взгляд словом стоит живое прозвище, а за ним — обычное имя Яков, одно из самых распространённых на Руси.