Фамилия Янишена — редкий случай, когда географическая привязка и суффикс сразу подсказывают версию происхождения. В отличие от массовых фамилий на -ов/-ев, фамилия на -ин указывает на основу, которая, скорее всего, была личным именем или прозвищем. Но здесь есть нюанс: не «Янишин» и не «Янишев», а именно Янишена.

Скорее всего, перед нами женская форма фамилии, образованная от мужской Янишен. В русской традиции такие формы фиксировались, если речь шла о замужней женщине или вдове (например, «жена Янишена»). Мужская основа — Яниша, которая может быть вариантом имени Янис (латышская, литовская или польская форма от Иоанн/Иван) или уменьшительной формой от канонического имени Иоанн через просторечное Яньша. В некоторых говорах «янить» означало «гнать, понукать» или «говорить с прибаутками», но это маловероятная основа — прозвища такого рода редко давали по глаголу без конкретного действия.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ин/-ен принадлежит к древнейшему типу притяжательных фамилий, указывающих на родство или зависимость. Окончание -а в Янишена — это не суффикс, а окончание женского рода, которое могло закрепиться в документах, если фамилия передавалась по женской линии или если носительница была вдовой. В мужском варианте фамилия звучала бы как Янишен.

Географически фамилия тяготеет к западным регионам бывшей Российской империи: встречается среди выходцев из Беларуси, Украины и Прибалтики. Там имя Янис было распространено, и от него легко образовывались фамилии с уменьшительными суффиксами. В центральной России такой вариант редок — там чаще встречается Янишев или Янышев.

Социальный контекст: носители фамилии, вероятно, были крестьянами или мещанами. Фамилии на -ин в этой среде часто фиксировали по отцу, и если отец носил неофициальное прозвище Яниша (например, по имени), то его дети становились Янишенами. Дворянских корней у фамилии нет — она не попала в родословные книги.

В целом, Янишена — это фамилия-память о предке по имени Янис или Яньша, с чёткой региональной привязкой к западу славянского мира. Её редкость объясняется именно местным характером употребления: она не стала массовой, но сохранила живую связь с народной формой имени.