Фамилия Янишес — редкий случай, когда географический и языковой контекст перевешивает стандартную славянскую модель. На первый взгляд, основа «Яниш» напоминает уменьшительную форму от имени Ян (Иван) с суффиксом -иш, как в украинских или польских фамилиях (Янишевский, Яниш). Но окончание -ес выбивается из привычного ряда. Это не русский, не украинский и не польский суффикс. Скорее всего, перед нами латышская или литовская фамилия, адаптированная в русском написании. В латышском языке суффикс -es (или -is) — типичный показатель мужских фамилий, особенно в восточных регионах Латвии (Латгалии) и среди староверов. Янишес — это вариант записи латышской фамилии Jānis или Jānišs, где основа — то же имя Ян (Иван), а окончание указывает на принадлежность: «Янов», «Янин».

Если копнуть глубже, вторая версия — балтийская фамилия от литовского корня jani- (ягненок) или jānis (в диалектах — «молодой баран»). В этом случае прозвище Янишес могло закрепиться за пастухом, овцеводом или человеком с кротким, безобидным нравом. Но первая версия правдоподобнее: имя Ян в Прибалтике было популярно, а суффикс -ес — знак, что фамилия сформировалась в среде, где русский язык соседствовал с балтийскими наречиями.

Написание через «е», а не через «э» (Янишэс) подсказывает, что фамилию записывали по-русски, не ломая латышскую фонетику. Встречается она в основном среди потомков латгальских староверов и в смешанных русско-латышских семьях. Сословно — это крестьянская или мещанская фамилия: дворянских родов с таким окончанием в Российской империи не было. Суффикс -ес не даёт точного указания на профессию или прозвище предка, но чётко маркирует регион: западные губернии, пограничье славянского и балтийского миров.