Фамилия Янишен — редкий пример, где суффикс указывает на географию точнее, чем корень. Это типично украинская или белорусская модель на -енко, но в форме -ен (сравните с фамилиями Ковален, Панчен, Иванен). В русской традиции такой суффикс почти не встречается: там преобладают -ов/-ев или -ин. Поэтому носители фамилии Янишен, скорее всего, выходцы с территории современной Украины или юго-западных областей Беларуси.

Основа фамилии — личное имя Яниш. Это одна из уменьшительных или обиходных форм крестильного имени Иоанн (в русском быту — Иван). В украинском и польском языках имя Иван через звуковые переходы дало варианты Янис, Яниш, Янек. Суффикс -ш в таких именах (Яниш, Якуш, Петруш) — характерная черта западнорусских и польских диалектов. Получается, что Янишен буквально означает «потомок Яниша», то есть «сын маленького Ивана».

Есть и более редкая версия: связь с тюркским именем Яныш, которое восходит к слову «душа» или «новый». Но для фамилии с суффиксом -ен эта гипотеза слабее, потому что тюркские имена в украинской среде обычно давали другие суффиксы (например, -чук или -енко). Правдоподобнее считать Янишен чисто славянским образованием от канонического Ивана.

В дореволюционных записях фамилия могла писаться через -ин (Янишин) — так её могли «обрусить» переписчики, заменяя малопонятный суффикс на привычный русский. Но исходная форма на -ен сохранилась в тех родах, которые не покидали западнорусских земель или эмигрировали в Сибирь и на Дальний Восток уже в XX веке.