Фамилия Янышен — редкий случай, когда географический корень почти наверняка перевешивает все остальные версии. Она образована от названия реки Яныш, которая протекает в Пермском крае и впадает в Вишеру. В таком случае перед нами типичная модель «по месту жительства»: человека, переселившегося с берегов Яныша, прозвали Яныш, а его потомки стали Янышены. Суффикс -ен в фамилии указывает на принадлежность (буквально «сын Яныша»), что характерно для русских фамилий, закрепившихся в XVI–XVII веках. Если это так, предки носителя фамилии жили на Урале или в Прикамье, возможно, занимались лесным промыслом или были крестьянами-переселенцами.

Менее вероятная, но возможная версия — от тюркского мужского имени Яныш, которое встречается у татар и башкир. В этом случае фамилия означала бы «потомок Яныша». Однако против этой гипотезы говорит то, что у татарских фамилий обычно другие суффиксы (например, -ов/-ев или -ин), и форма Янышен скорее выдает русскую огласовку. Кроме того, имя Яныш не было широко распространено, в отличие от географического названия.

Словообразовательная модель проста: основа Яныш- плюс патронимический суффикс -ен (как в фамилиях Паршен, Рыжен). Окончание -ен, а не -ин или -ов, — признак того, что фамилия могла сложиться в севернорусских или уральских говорах, где такие формы встречаются чаще, чем в центральной России.

Есть еще одна деталь: в некоторых диалектах «яныш» могло быть прозвищем — от глагола «янить» (суетиться, торопиться) или от слова «яный» (ярый, горячий). Но это лишь догадка, не подкрепленная письменными источниками. Надежнее всего привязка к реке: она объясняет и редкость фамилии, и ее четкую региональную окраску.

Встречаемость Янышен невысока. Основные носители живут в Пермском крае и соседних областях, что подтверждает уральскую версию. Известных исторических деятелей с этой фамилией нет, а значит, ее история — это история простых людей, чей род пошел от одного человека, которого окрестили по месту его прежнего жительства.