Фамилия Янышена — женская форма от Янышев, и её происхождение ведёт к тюркскому или финно-угорскому корню, что сразу выделяет её на фоне славянских фамилий. Основа «Яныш» восходит к личному имени или прозвищу, распространённому у народов Поволжья и Приуралья: у татар, башкир, чувашей или марийцев. Скорее всего, в основе лежит тюркское «яны» — «новый» или «душа», либо имя Яныш, которое фиксировалось в документах XVI–XVII веков как вариант мусульманского Яныш или Яныш-бий. Суффикс «-ев/-ев» в мужской форме указывает на принадлежность: «чей?» — Янышев, то есть сын или потомок Яныша.

Обратите внимание на окончание «-ена»: в русской традиции фамилии на «-ина» и «-ена» образуются от основ, оканчивающихся на согласный или мягкий знак, но здесь написание через «е» — редкое и может говорить о диалектном произношении или ошибке писаря при записи. Встречается такая фамилия преимущественно в регионах с татарским и башкирским населением: в Татарстане, Башкортостане, Удмуртии, а также в Оренбургской и Самарской областях. По переписям XIX века Янышевы упоминаются среди крестьян и мещан, но нередко — среди служилых татар и казаков, что указывает на возможную военную или административную службу предков.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Янышев, Янышов, Янышкин — показывает, что «Янышена» стоит особняком: это единственная форма с суффиксом «-ен-», которая почти не встречается у мужчин. Если ваш предок носил фамилию Янышев, то ваша — результат адаптации к русской грамматике, где женская линия закрепилась через брак или наследование. Споров о корне почти нет: тюркская версия надёжнее финно-угорской, так как имя Яныш широко задокументировано в татарских родословных шеджере, а у марийцев и удмуртов аналоги встречаются реже.