Фамилия Яцышена — редкий случай, когда женская форма закрепилась в качестве основной. В русской традиции фамилии на -а, -я типичны для Украины и Беларуси, но здесь мы видим не просто окончание, а суффикс -ен-, который указывает на происхождение от прозвища или имени, оформленного по модели отчества. Основа фамилии — Яцыш, а это уменьшительная форма от имени Яцек.

Яцек — польская и западноукраинская версия имени Иакинф (в народной форме Якинф или Акинф). В православных святцах это имя носил мученик III века, но в быту оно сокращалось до Яцек, Яцко, Яцыш. Суффикс -ен- в фамилии работает как патронимический: Яцышена буквально значит «дочь или жена Яцыша». Такая модель встречается в украинских фамилиях (например, Гавриленко, Тимошенко), но с окончанием -а вместо -ко фамилия звучит как застывшая форма женского рода, что нетипично для русской ономастики.

Вероятнее всего, фамилия укоренилась на территории современной Украины или в южнорусских областях, где были сильны польские и украинские влияния — например, на Слобожанщине или в бывшей Речи Посполитой. Носитель фамилии мог быть потомком человека по прозвищу Яцыш, то есть «маленький Яцек» или «сын Яцека». По сословию предки скорее всего были крестьянами или казаками: фамилии на -ен(а) в этой среде фиксировались как уличные прозвища, а не дворянские родовые имена.

Словообразовательная цепочка проста: Иакинф → Яцек → Яцыш → Яцышена. Ударение, судя по аналогиям, падает на первый слог: Яцышена. Встречаются варианты написания с одной «ш» (Яцишена) или с буквой «и» вместо «ы» после «ц» (Яцишена), но исходная форма сохраняет твердое «ы» как след украинской фонетики.