Фамилия Яцышен — одна из тех, что сразу выдают украинское или белорусское происхождение. Её выдает суффикс -ен, который в русской передаче часто превращается в -енко (Яцышенко), а в более старых формах — в -еня (Яценя). В основе лежит имя Яцек — польская и западноукраинская уменьшительная форма от Ян (Иван). Получается цепочка: Иван → Ян → Яцек → Яцыш (ещё одна уменьшительная форма) → Яцышен. Буквально фамилия означает «сын Яцыша», то есть потомок человека, которого звали ласково Яцыш.

Географически фамилия тяготеет к Черниговщине, Киевщине и соседним районам Беларуси. В XIX веке носители фамилии встречались в основном среди крестьян и мещан, но не стоит думать, что это «простонародная» фамилия: в казацкой старшине левобережной Украины тоже были люди с таким корнем, просто они чаще записывались как Яценко или Яцына. Суффикс -ен в украинской ономастике — аналог русского -ов/-ев, он указывал на принадлежность к роду: чей ты? — Яцышен.

Интересная деталь: написание с буквой «ы» после «ц» — архаичное. В современном украинском языке в этом месте пишется «и» (Яцишен), а «ы» осталось в русской дореволюционной традиции передачи украинских фамилий. Поэтому, встретив фамилию Яцышен, можно с высокой вероятностью предположить, что предки происходили из региона, где долго сохранялось влияние русской канцелярской орфографии — например, из бывших малороссийских губерний Российской империи.

Редкость фамилии (по разным подсчётам, в России её носят не более нескольких сотен человек) объясняется тем, что модель на -ен в целом уступила место более массовым -енко и -ук/-юк. Яцышен — живое свидетельство того, как вариантность суффиксов в прошлом создавала десятки разных фамилий от одного корня.