Фамилия Яншена — редкий случай, когда в основе лежит не имя или прозвище, а топоним, причём не русский, а немецкий. Всё дело в суффиксе: -ен, а не типичное русское -ов/-ев или -ин. Такая модель указывает на происхождение от названия места, которое оканчивалось на -ен: скорее всего, это немецкая деревня Яншен (Janschen) в Восточной Пруссии (ныне территория Калининградской области или Польши). Житель такой деревни получал прозвище Яншенский, которое со временем сократилось до Яншен, а затем русифицировалось в женскую форму Яншена. В русской традиции фамилии на -а часто закреплялись за женщинами (как «Иванова»), но здесь, вероятно, изначально это была именно фамилия мужчины, которую записали в женском роде из-за особенностей местного говора или канцелярской ошибки.

Менее вероятная, но возможная версия — от немецкого имени Ян (Jahn, аналог Иван) с суффиксом -шен, который в диалектах Восточной Пруссии мог указывать на принадлежность: «Яншен» как «Янов сын» или «маленький Ян». Однако такая модель нехарактерна для русских фамилий, а в немецкой ономастике она встречается редко и обычно даёт фамилию Яншен, а не Яншена.

Географически фамилия привязана к бывшим немецким землям. Носители Яншена — это, скорее всего, потомки переселенцев из Восточной Пруссии, которые после Второй мировой войны оказались в центральных регионах России или Сибири. В современных базах данных фамилия встречается единично, что подтверждает её локальное происхождение.

Социальный контекст прост: предки были крестьянами или ремесленниками из немецкой деревни, а после переселения фамилия русифицировалась, сохранив редкий для русского уха суффикс. Сравните с однокоренными фамилиями Яншинов или Яншевский — они тоже редки, но образованы по другой модели (от имени Ян с русскими суффиксами). Яншена стоит особняком как прямой топонимический след.