Фамилия Яцкунас звучит непривычно для русского уха, но её происхождение прозрачно, если взглянуть на карту Восточной Европы. Это литовская фамилия, образованная по типичной для литовского языка модели с суффиксом -унас (-unas). В Литве такие фамилии указывали на принадлежность к роду или на характерный признак предка, причем суффикс -унас часто заменял русские -ов/-ев или польские -ский, сохраняя при этом исходное прозвище.

Основа фамилии — личное имя Яцкус. Оно в свою очередь является уменьшительной формой от имени Яцкас, которое восходит к польскому или белорусскому Яцек (Jacek) — варианту имени Иакинф (в народной традиции — Гиацинт). Имя это пришло в Литву через католическую традицию и было широко распространено среди литовских крестьян и мелкой шляхты. Таким образом, Яцкунас буквально означает «сын Яцкуса» или «потомок Яцкуса» — типичная патронимическая модель, где суффикс -унас выполняет ту же роль, что и -ич в восточнославянских фамилиях.

Географически фамилия Яцкунас почти наверняка связана с территорией современной Литвы, особенно с её восточными и южными районами, где исторически было сильное польское и белорусское влияние. Встречается она и в Латвии, но как литовский заимствованный элемент. В России или Беларуси такая фамилия — результат миграции литовцев в XIX–XX веках, или же она могла быть русифицирована в Яцкунов, Яцкуновский.

Особенность фамилии в том, что её суффикс -унас редко встречается за пределами литовского ареала. Если вы встретили Яцкунас в русскоязычной среде, скорее всего, предки были литовцами, которые сохранили национальную форму фамилии, не переделав её на русский лад. Сословно носители могли быть как крестьянами (в Литве фамилии на -унас массово закрепились за крепостными после отмены крепостного права в 1861 году), так и мелкопоместной шляхтой, но без дополнительных генеалогических данных точнее сказать нельзя.