Фамилия Якунас, вероятно, представляет собой вариант славянской фамилии Якун, адаптированной прибалтами с помощью окончания -ас. Сама же фамилия Якун образована от аналогичного имени. Якун — это просторечный вариант канонического имени Иаков, которое переводится с древнееврейского как «второй по рождению». Скорее всего, основатель рода Якун был человеком из простого сословия.