Фамилия Яцкун — редкий пример восточнославянской модели, где западноукраинская или белорусская основа «Яц-» соединилась с суффиксом «-ун». Если сразу искать корень, то он восходит к краткой форме имени Яцко — народного варианта канонического Яков (в русской традиции — Яков, в украинской — Яків). Яцко — это уменьшительно-обиходное имя, как Ванько от Иван или Петрусь от Пётр. Суффикс «-ун» в данном случае не уменьшительный, а скорее прозвищный или фамильный: в украинской и белорусской ономастике он часто указывал на обладателя какого-то качества или занятия (сравните: крикун, лизун, свистун). Однако в фамилиях «-ун» мог закрепиться и без явного значения, просто как словообразовательный элемент, отличающий носителя от других Яцко — например, Яцкун мог означать «сын Яцка» или «человек из рода Яцка».

Географически фамилия тяготеет к западным регионам: чаще всего её фиксируют в Волынской, Ровенской и Тернопольской областях Украины, а также в юго-восточной Польше (исторические земли Холмщины и Подляшья). В России Яцкуны встречаются единично, в основном как результат переселений конца XIX — начала XX века. В польском языке фамилия могла писаться как Jackun или Jackuń, что отражает местную фонетику (мягкое «ц» и носовой гласный). Интересная деталь: в некоторых актах XVII–XVIII веков встречается форма Яцкунович — это указывает на то, что Яцкун мог быть не окончательной фамилией, а промежуточным прозвищем, которое позже получило патронимический суффикс «-ович». Но в современной записи суффикс отпал, и фамилия застыла в краткой форме.

Спорных версий немного. Иногда корень «Яц-» связывают не с именем Яков, а с диалектным глаголом «яцать» (говорить резко, кричать) или с польским «jakać się» (заикаться). Но это маловероятно: прозвища от глаголов обычно образуются без суффикса «-ун» в значении деятеля (сравните: крикун, молчун), а здесь основа «Яц-» слишком короткая и не даёт ясного семантического поля. Надёжнее считать, что перед нами типичная украинско-белорусская фамилия от имени Яцко, которая выделилась суффиксом «-ун» для отличия от множества других Яцков. Социальный контекст: носители фамилии в XVII–XIX веках были преимущественно крестьянами и мещанами, без дворянских родовых гербов, что подтверждает её народное происхождение.