Фамилия Яйкун — редкий случай, когда в основе лежит не русское, а тюркское слово, при этом оформленное по русской модели. Если не вглядываться в корень, можно ошибочно принять её за производную от «яйцо» или «яйкать». Но здесь другая история.

Корень «яйкун» (или «яйкын») в тюркских языках, прежде всего в татарском и башкирском, означает «близкий», «родной», «родственник». Слово «якын» (произносится с мягким «к») широко распространено: «якын кеше» — близкий человек. В фамилии гласный мог перейти в «ай» под влиянием диалектного произношения или при записи в документах. Таким образом, прозвище Яйкун могли дать человеку, который приходился кому-то родственником, или же тому, кто держался близко, был своим. По другой версии, чуть менее вероятной, «яйкун» могло быть вариантом слова «яйгын» — «разлитый», «распространённый», но связь с «близостью» выглядит убедительнее.

Суффикс «-ун» здесь не типичный русский суффикс обладателя признака (как в «бегун»), а скорее часть тюркской основы. Русская модель образования фамилии — нулевая, без суффикса: прозвище Яйкун просто закрепилось как фамилия. Это характерно для фамилий, которые фиксировались у тюркоязычных народов в составе Российской империи, особенно у татар, башкир, мишарей. В русских переписных книгах XVI–XVII веков такие фамилии встречаются в Поволжье и Приуралье.

Сословная принадлежность носителей фамилии Яйкун, скорее всего, была крестьянской или мещанской. Дворянских родов с такой фамилией в «Родословных книгах» не зафиксировано. Географически фамилия тяготеет к Татарстану, Башкортостану и соседним областям, но из-за редкости её носители могут встречаться в самых разных регионах.

Написание фамилии с «Я» на конце — не ошибка, а графическая фиксация тюркского звука. В документах XIX века могли писать и «Яйкунов», добавляя русский суффикс принадлежности, но форма без суффикса оказалась устойчивее. Сравните с фамилиями Яйкин (от «яйка» — яйцо) — здесь совершенно другая семантика, несмотря на внешнее сходство первого слога.