Фамилия Яупов — редкий пример, где корень почти наверняка тюркский, а суффикс — русский, патронимический. Основа здесь — личное имя Яуп. Это имя — фонетический вариант более известного татарского имени Ягъфар (Ягфар), которое восходит к арабскому Джафар, что значит «ручей», «источник» или «небольшая река». В тюркской среде, особенно у татар и башкир, имя Ягфар было распространено, а его разговорные формы — Яуп, Явып — встречались в диалектах. Звук «г» в середине слова часто выпадал при быстром произношении, так и появился вариант без него.

Модель образования проста: к имени Яуп добавили русский патронимический суффикс -ов, который в Поволжье и Приуралье массово присоединяли к тюркским основам в XVI–XIX веках, когда нерусское население входило в систему государственного учёта. Суффикс указывает на принадлежность: Яупов буквально означает «сын Яупа». Никакого редкого или нестандартного суффикса здесь нет — как раз типичный случай адаптации тюркского имени к русской фамильной модели.

Географически фамилия сосредоточена в Татарстане и Башкортостане, реже встречается в соседних областях — Оренбургской, Челябинской. Это указывает на корни в среде казанских татар или башкир. В дореволюционных записях фамилия могла писаться через букву «ы» — Яупыв, но современное написание закрепилось в форме Яупов.

Сословной привязки нет: носители фамилии могли быть и крестьянами, и мещанами, и служилыми татарами. Прозвищного значения у основы нет — это не характеристика человека, а имя, данное при рождении. Поэтому искать в фамилии намёк на профессию или внешность предка не стоит: всё сводится к личному имени родоначальника, которое в переводе означало «ручей» или «источник».