Фамилия Явнишкис — редкий пример балтийского наследия в русском именослове. Её происхождение напрямую связано с литовским языком: суффикс -ишкис (-iškis) — типичный для литовских фамилий, особенно распространённых в Жемайтии и на северо-востоке Литвы. Этот суффикс чаще всего указывает на происхождение из конкретного места (типа «из Явнишек»), либо на принадлежность к роду по прозвищу.

Основа фамилии — «Явниш-». Здесь возможны две версии. Первая: от литовского слова «javnas» — «ягнёнок» (сравните с литовским «javinas» или диалектным «javnis»). В таком случае прозвище Явнис (Явниш) мог получить человек кроткого нрава, либо хозяин, разводивший овец. Вторая, более правдоподобная: от названия населённого пункта. В Литве существует несколько мест с корнем «Javniškės» или «Javniškiai» — хутора и деревни. Фамилия Явнишкис тогда означает «тот, кто из Явнишек» — типичная для литовской ономастики топонимическая модель.

В XIX веке, после разделов Речи Посполитой, многие литовские фамилии попали в метрические книги Российской империи. Окончание -ис (-is) нередко русифицировали, но фамилия Явнишкис сохранила свою форму, что говорит о её поздней фиксации или о том, что носители жили компактно и не подверглись массовой русификации. Встречается она преимущественно в западных губерниях — Ковенской, Виленской, а также среди потомков литовских переселенцев в Сибири и на Дальнем Востоке.

Словообразовательно фамилия проста: корень «Явниш-» + суффикс принадлежности -кис. Ударение, скорее всего, на первый слог — Я́внишкис, хотя в русском быту может смещаться. Родственные фамилии — Явнис, Явнишаускас, Явнайтис. Все они держатся на одном корне, но различаются суффиксами, указывающими на разные этапы формирования: -айтис (сын Явниса), -аускас (из Явнишек). Явнишкис — самая прямая форма, без дополнительных наслоений.