Фамилия Янишкис — почти стопроцентный маркер литовского происхождения. Её выдает суффикс -ис, который в литовской антропонимии выполняет ту же роль, что русские -ов или -ин: он превращает имя или прозвище в фамилию. Основа здесь — Яниш-, а это не что иное, как уменьшительная форма от имени Йонас (литовский аналог русского Иван). То есть Янишкис буквально означает «маленький Янис» или «сын Яниса». По словообразовательной модели это типичная патронимическая фамилия, каких в Литве тысячи: от полных форм (Янайтис, Янулис) и до ласкательных (Янишкис, Янушка).

Географически фамилия тяготеет к северо-востоку Литвы и к исторической Жемайтии. В русских и польских документах XIX века, когда литовские фамилии записывали на слух, Янишкис мог превратиться в Янишкевич или даже в Янишевский — это зависело от языка делопроизводства и грамотности писаря. Поэтому если вы встречаете носителей с похожей фамилией, но с окончанием на -вич или -ский, не исключено, что у них общий предок с Янишкисом, просто документы «обрусели» или «ополячили» фамилию.

Встречается и более редкая версия — связь не с именем, а с топонимом. В Литве есть несколько местечек с корнем Яниш- (например, Янишкис — современный Ионишкис). В таком случае фамилия могла возникнуть как указание на выходца из этого поселения. Но это менее вероятно: прозвища по названию деревни обычно оформлялись иначе, через суффикс -ишкес или -онис, а не через уменьшительное -ишкис.

Социального оттенка у фамилии нет: её носили и крестьяне, и мелкие шляхтичи. В Российской империи после отмены крепостного права литовцам часто давали фамилии именно по такой модели — от имени отца с уменьшительным суффиксом. Так что Янишкис — фамилия-ровесница многих литовских фамилий, возникших в XIX веке, и её носители вряд ли принадлежали к высшей знати, но и к самым низам тоже не обязательно.