Фамилия Янишкин — редкий случай, когда суффикс -ин присоединился не к привычному русскому имени, а к основе, которая звучит по-польски или по-белорусски. Если отбросить суффикс, остаётся корень Янишк-. Это уменьшительная форма от имени Ян — восточнославянского аналога русского Иван. В белорусском и польском языках суффикс -ишк- (или -ишк-о) даёт ласкательное значение: Янишко — это «маленький Ян» или «Янечка». Так что Янишкин буквально означает «чей-то сын Янишки», то есть потомок человека, которого в быту звали уменьшительно Янишко.

Обратите внимание на географию. Фамилии с корнем Яниш- и суффиксом -ин почти не встречаются в центральной России, зато распространены в западных областях — Смоленской, Брянской, Псковской, а также в Беларуси. Это указывает на то, что предки носителя фамилии жили на землях, где смешивались русские и польско-белорусские говоры. В польской ономастике есть фамилия Janiszkin — прямой аналог, только записанная латиницей. Русский вариант Янишкин, скорее всего, возник при адаптации польского или белорусского прозвища в русскую документацию.

Версия о том, что основа происходит от тюркского слова (например, «яныш» — «близкий»), маловероятна. Во-первых, суффикс -ин в русских фамилиях редко сочетается с тюркскими корнями без промежуточного прозвища. Во-вторых, уменьшительная модель Янишко слишком прозрачна для славянского уха, чтобы её игнорировать. Поэтому основная и самая правдоподобная версия — через крестильное имя Ян (Иван) с белорусским уменьшительным суффиксом.

Сословная принадлежность по фамилии не определяется. Янишкин мог быть и крестьянином, и мещанином, и священником. В метрических книгах XIX века эта фамилия встречается у государственных крестьян западных губерний, но единичные случаи — у дворян польского происхождения, перешедших в православие. Точных сведений о «первом» Янишкине нет, но ясно одно: его предок в XVI–XVII веках носил прозвище Янишко, и это прозвище закрепилось за его детьми как фамилия.