Фамилия Янышкин — редкий пример того, как тюркское имя прирастало русским суффиксом -ин. В отличие от более ходовых -ов/-ев, суффикс -ин в русских фамилиях закреплялся за основами на -а/-я, и здесь он присоединился к имени Яныш. Само имя Яныш — это адаптированная на русской почве форма тюркского Яныш, восходящего к слову «ян» — душа. В татарской и башкирской среде имя Яныш означало «душевный», «родной», «близкий сердцу». Встречаются и параллели с казахским «жаныш» — уменьшительное от «жан», то же значение.

По модели образования Янышкин — типичная «именная» фамилия, которую давали по отцу: сын Яныша становился Янышкиным. Географически фамилия тяготеет к Поволжью и Приуралью — регионам, где веками шло плотное взаимодействие русского и тюркского населения. В дореволюционных метрических книгах Казанской, Симбирской и Уфимской губерний фамилия встречается у крестьян, реже у мещан, что указывает на её простонародное происхождение.

Есть и менее очевидная версия: Яныш могло быть не именем, а прозвищем от диалектного глагола «янышить» — суетиться, беспокойно двигаться. В этом случае фамилия отражала бы характер предка — непоседы или хлопотливого человека. Однако большинство ономастов склоняются к имени-основе: слишком устойчива тюркская традиция именовать детей Янышем, и слишком мало письменных свидетельств в пользу прозвищной версии.

Примечательно, что фамилия сохранила редкий для русских фамилий корень с начальным «я». В русском языке слова на «я» чаще заимствованные, и Янышкин — один из тех случаев, когда фамилия прямо указывает на смешанное этническое происхождение предков, не теряя при этом чисто русской грамматической формы.