Фамилия Янышкина — женская форма фамилии Янышкин, а та, в свою очередь, образована от мужского имени или прозвища Янышка. Эта модель типична для русского Севера и ряда регионов Поволжья, где суффикс -к- активно использовался для создания обиходных, «домашних» форм крестильных имён. В основе лежит, скорее всего, имя Ян — западнославянская или прибалтийская форма канонического Иоанн (Иван). В русской среде, особенно в зонах этнического контакта (Псковщина, Новгородчина, земли бывшего Великого княжества Литовского), имя Ян не было редкостью, а уменьшительное Янышка звучало естественно.

Менее вероятна, но возможна версия происхождения от дохристианского прозвища Яныш, связанного с диалектным словом «яный» — «рьяный, пылкий, горячий». В таком случае Янышка — человек с крутым нравом. Однако в ономастике чаще работает «имя»-версия, так как суффикс -ыш-/-иш- в прозвищах (например, Малыш, Голыш) даёт другую семантику, а форма Янышка ближе к уменьшительным от личных имён.

Географически фамилия Янышкин (и Янышкина) фиксируется в основном в северо-западных областях России и в Татарстане, что объяснимо: в Поволжье имя Ян бытовало и у крещёных татар, и у русских переселенцев. В XIX веке носители фамилии встречались среди крестьян и мещан, но сословная принадлежность не была жёстко закреплена — Янышкины могли быть и духовного звания, и купеческого.

Словообразовательный разбор прост: основа Янышк- + патронимический суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Янышки). Женская форма на -а — стандартное русское окончание для фамилий этого типа. Фамилия нередко искажалась при переписях: встречаются варианты Янышкин, Енышкин, Янишкин. Все они восходят к одному корню и говорят о том, что предок носителя фамилии носил обиходное имя Янышка, которое для своего времени звучало просто и по-домашнему.