Фамилия Явоненко — характерный пример украинской модели фамилии на -енко. Этот суффикс, самый распространённый в украинской антропонимии, означает «маленький», «сын» или «потомок». То есть в основе фамилии лежало прозвище или имя Явон, а Явоненко — буквально «сын Явона» или «Явонов наследник». Такие фамилии массово закреплялись в XVI–XVII веках в среде казачества и крестьянства Левобережной и Центральной Украины.

Корень фамилии спорен, и здесь возможны две основные версии. Первая и самая правдоподобная: Явон — это народная, разговорная форма крестильного имени Иоанн (Иван). В украинских говорах начальное «и» нередко переходило в «я», а «в» вставлялось для удобства произношения: Иван → Яван → Явон. Подобные трансформации дали фамилии Явон, Явонюк, Явоненко. Вторая версия связывает основу с диалектным словом «явон» — так в некоторых западных регионах называли ясень или клён. Тогда прозвище Явон мог получить человек, живший у такого дерева или занимавшийся его обработкой. Эта версия слабее: прозвища от названий деревьев чаще оформляются по-другому (Ясенев, Кленов), а не через суффикс -енко.

Географически фамилия Явоненко почти не встречается за пределами Украины. Её основной ареал — Полтавская, Черкасская, Киевская области. В России она редка и появляется в основном как результат миграций конца XIX — начала XX века. Социально носители фамилии были преимущественно крестьянами и казаками, что типично для модели на -енко: дворянство и духовенство такие фамилии почти не использовали.

Интересная деталь: фамилия Явоненко хорошо показывает, как церковное имя Иоанн в народной среде «обрастало» десятками местных форм. Если Явоненко — «сын Явона», то его отца звали именно Явоном, а не Иваном в официальных документах. Это прямое свидетельство того, что в повседневной речи приходские имена менялись до неузнаваемости, и прозвищная форма закреплялась как фамилия на века.