Фамилия Явонов — редкий случай, когда суффикс -ов крепится к основе, которая сама по себе уже является производной. Если отбросить типичный русский патронимический суффикс, остаётся корень Явон-. Это не полное имя, а усечённая форма, что сразу указывает на разговорную, народную среду происхождения.

Скорее всего, Явон — это просторечный вариант крестильного имени Иван. В русских говорах, особенно на северо-западе и в новгородских землях, начальное «И» часто переходило в «Й» (йотировалось) или вовсе отбрасывалось. Так Иван превращался в Йван, а затем в Ван. Но в некоторых диалектах и акцентах «И» могло перейти в «Я»: Иван → Яван → Явон. Подтверждение этому — фамилия Яванов, которая встречается чаще, а Явонов — её более редкая фонетическая ветвь. Суффикс -он вместо -ан мог появиться под влиянием «акающих» говоров, где безударное «а» звучит как «о», и это написание закрепилось в документах.

Другая, менее вероятная версия отталкивается от неканонического имени Явон, которое могло быть производным от глагола «явить(ся)» — то есть «появившийся на свет», «явленный». В старину такие имена давали как охранительные, чтобы обмануть нечистую силу, или просто как пожелание. Однако антропонимический словарь Б. Унбегауна не фиксирует самостоятельного имени Явон, что делает версию с Иваном более надёжной.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России, где «яканье» было в ходу. Встречается она редко, поэтому её носители, скорее всего, происходят из одного локального рода, где форма имени Явон передавалась по наследству как прозвище или уличное имя, пока не закрепилась в метриках как фамилия. Сословный состав предков определить трудно, но сама словообразовательная модель — от краткой формы имени — характерна для крестьян и мещан, а не для дворянства.

Таким образом, фамилия Явонов донесла до нас живую народную фонетику: это «Иван» в диалектном обличье, записанный писцом на слух.