Фамилия Йончев — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение напрямую ведёт к Болгарии, а не вглубь русских земель. Это типичная болгарская фамилия, образованная по модели, которая почти не встречается у восточных славян: суффикс -ев присоединён к основе Йонч-. Ударение, скорее всего, падает на первый слог: Йо́нчев.

Ключ к разгадке — в основе Йонч-. Это уменьшительная форма от болгарского имени Йонко, которое, в свою очередь, является народной формой христианского имени Иоанн (в русской традиции — Иван). В болгарском языке для имён характерно стяжение: Иван превращался в Йоан, а затем в Йон. Суффикс -ч- (как в русском Ваня — Ванечка) даёт ласкательный оттенок. Таким образом, Йонч — это «маленький Йонко» или «Йонко-сын».

Фамилия строится по отчественной модели: Йончев буквально значит «сын Йонча». В Болгарии такие фамилии на -ев (а не на -ов) распространены шире, чем в России, и указывают на принадлежность к роду через отца. Для русского уха суффикс -ев привычен, но основа Йонч- звучит чужеродно, что и выдаёт её южнославянское происхождение.

Носители фамилии Йончев в России — это, как правило, потомки болгарских переселенцев. Волны миграции болгар в Российскую империю были в XIX — начале XX века: после русско-турецких войн болгары оседали в Бессарабии, на юге Украины, в Крыму и на Кубани. Поэтому встретить Йончева можно скорее в Краснодарском крае, Ростовской области или в Крыму, чем в средней полосе России.

Интересная деталь: в болгарском языке фамилия пишется через «ч» и произносится с твёрдым «ч», как в русском. В русской записи она сохранила оригинальное написание, без русификации вроде «Иончев» или «Ёнчев». Это говорит о том, что фамилия пришла в язык уже в письменной форме, а не через устную передачу, иначе её бы «переозвучили» на русский лад.