Фамилия Юхимишина — женская форма редкой фамилии Юхимишин. Её основа — имя Юхимиша, которое само по себе неканоническое, а скорее всего, народная, бытовая форма от крестильного имени Евфимий (в просторечии Ефим). В украинском и белорусском говорах имя Ефим нередко произносили как Юхим: через «ю» в начале. Отсюда пошло множество фамилий: Юхименко, Юхимчук, Юхимов, Юхимович, а также Юхимишин.

Суффикс -ишин указывает на патроним: Юхимиша — так в семье называли сына Юхима. Дословно Юхимишин — «чей?» — «сын Юхимиши». Модель образования типична для западных русских земель, особенно для территорий современной Украины и Беларуси, где фамилии на -ишин, -ишина встречаются чаще, чем в северной или центральной России. В XIX веке такие фамилии нередко фиксировали у крестьян и мещан, потому что патроним без прибавления дворянских суффиксов (-ов, -ин) указывал на простую среду.

Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Юхи́мишина. Первая часть фамилии может вводить в заблуждение: она звучит похоже на фамилии еврейского происхождения (Юхимович, Юхман), но по корню это чисто славянский вариант православного имени.

Поскольку фамилия очень редкая, её носители, вероятно, происходят из одной локальной ветви — возможно, из села или местечка на западе Украины или юго-западе Беларуси. В современных телефонных справочниках и базах данных Юхимишины встречаются единично. Это не фамилия «на слуху», но её структура прозрачна: она без остатка раскладывается на имя Юхим, уменьшительную форму Юхимиша и суффикс принадлежности.