Фамилия Юхимишин — характерный пример украинской патронимической модели, которая редко встречается в великорусском ареале. Её основа — имя Юхим, народная форма канонического имени Евфимий (в переводе с греческого — «благочестивый», «благодушный»). В украинском языке начальное «Ев-» закономерно перешло в «Ю-», как в именах Юхим, Юрій, Юхимія. Далее к основе добавился суффикс -ишин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Юхимишин, то есть сын или потомок Юхима.

Суффикс -ишин (наряду с -енко, -ук, -чук) — одна из самых распространённых патронимических форм в западных и центральных областях Украины. Такие фамилии складывались в XVI–XVIII веках, когда крестьяне и казаки массово получали фамилии по имени отца. Если бы фамилия возникла в русской среде, она звучала бы как Юхимов или Юхимович. Форма Юхимишин однозначно указывает на украинское происхождение и, скорее всего, на территорию Подолья, Волыни или Галичины.

Встречаются и альтернативные трактовки: иногда основой видят не Юхим, а Юхимка — уменьшительно-ласкательный вариант того же имени. Тогда суффикс -ин (в форме Юхимкин) дал бы русский вариант, но -ишин здесь — это уже украинский способ образования от той же уменьшительной основы. В любом случае, корень один — имя Евфимий, которое в народе упростилось до Юхима.

Носители фамилии Юхимишин исторически — это, вероятно, крестьяне или ремесленники, жившие в сельских общинах, где патроним служил главным идентификатором рода. Дворянских корней у фамилии нет: патронимы на -ишин редко фиксировались в шляхетских гербовниках. Сегодня фамилия остаётся редкой, её можно встретить среди украинской диаспоры в Канаде и США, а также в западных областях Украины.