Фамилия Юмакеев образована от тюркского имени Юмакей. В её основе лежит имя Юмак, которое восходит к древнетюркскому слову «йумак» — «шарообразный, круглый», а в переносном смысле — «полный, здоровый, крепкий ребёнок». Такое имя давали с пожеланием силы и благополучия. Суффикс -ей в тюркских именах придаёт ласкательный оттенок, то есть Юмакей — это «маленький Юмак» или «Юмак, которого любят». Затем к основе добавился русский патронимический суффикс -ев, который превратил имя в фамилию, означающую «сын Юмакея».

Словообразовательная модель здесь смешанная: тюркское имя + русский фамильный формант. Это характерно для многих фамилий народов Поволжья и Урала. Скорее всего, предок носителя фамилии был татарином, башкиром или представителем другого тюркоязычного народа, принявшим русскую модель наследования. Фамилия закрепилась в среде крестьян или служилых людей, которые в XVII–XIX веках переходили на русские фамилии, сохраняя национальное имя в основе.

Встречается фамилия преимущественно в Башкортостане, Татарстане, а также в Челябинской и Оренбургской областях. В дореволюционных переписях носители Юмакеевы могли быть записаны как «башкиры» или «тептяри» — сословная группа, сочетавшая земледелие и скотоводство. Других версий происхождения, кроме тюркской, у этой фамилии нет — попытки связать её с русским словом «юмать» (якобы «шуметь, галдеть») не выдерживают критики, так как такого глагола в русском языке не зафиксировано.