Её основа — немецкое слово Jünger, которое переводится как «ученик», «подмастерье» или, в более узком смысле, «младший». В немецкой среде так могли называть не только молодого человека, обучающегося ремеслу, но и младшего сына в семье, а в религиозных кругах — последователя, «ученика» по отношению к учителю или пастору.

Словообразовательная модель здесь проста и показательна: к немецкому корню добавили русский суффикс -ов, который в XIX веке был стандартным способом адаптации иностранных фамилий в крестьянской и мещанской среде. То есть носитель фамилии — не просто «немец Юнгер», а уже «сын Юнгера» или «человек из рода Юнгеров». Такая русификация типична для поволжских немцев, а также для выходцев из немецких слобод Москвы и Петербурга, которые постепенно ассимилировались.

Интересно, что в самой Германии фамилия Юнгер (Jünger) встречается часто, но обычно без окончания -ов. Появление именно «Юнгеров» — чисто русская история: её фиксируют в документах второй половины XIX века среди обрусевших немцев, особенно в Самарской и Саратовской губерниях, где существовали крупные колонии. Встречается она и среди потомков военных медиков и аптекарей — слово Jünger в немецких цеховых уставах обозначало помощника аптекаря или младшего лекаря.

В русском языке у фамилии нет альтернативных версий происхождения от славянских корней: попытки связать её с «юнгой» (корабельным учеником) лингвистически несостоятельны, так как слово «юнга» пришло из голландского jongen и не дало фамилий с суффиксом -еров. Так что Юнгеров — это стопроцентный «немецкий след», который со временем стал восприниматься как обычная русская фамилия, ничем не выделяющаяся на фоне Кузнецовых или Мельниковых.