Фамилия Юнингер — пример, который сразу выдаёт нерусское происхождение. Её модель указывает на немецкие или австро-баварские корни: типичный суффикс -er, образующий фамилии по роду занятий или месту жительства. В русском контексте такие фамилии чаще всего встречались у потомков немецких колонистов, переселявшихся в Российскую империю в XVIII–XIX веках, особенно в Поволжье, Причерноморье и на Волыни.

Основа фамилии восходит к средневерхненемецкому слову junge — «молодой» или «юноша». В диалектах юга Германии и Австрии Jung могло быть прозвищем младшего сына, подмастерья или просто молодого человека. Суффикс -inger (в русской передаче -ингер) часто указывал на принадлежность к роду или местности: например, фамилия Юнингер могла означать «потомок Юнга» или «человек из поселения Юнгинген». Встречается и вариант Юнгингер, где -ing- усиливает патронимическое значение.

Среди немецких фамилий есть однокоренные Юнг, Юнге, Юнгман, но Юнингер — более редкая форма. В России она могла видоизмениться под влиянием местного произношения: ударение, скорее всего, падало на первый слог, как в немецком (Ю́нингер), хотя в быту могли ставить и на второй. Географически фамилия тяготеет к историческим немецким колониям: в дореволюционных метрических книгах её носители встречаются в Саратовской, Самарской и Таврической губерниях.

Сословно предки-Юнингеры чаще всего были крестьянами или ремесленниками — в немецких колониях фамилии редко давали дворянам. Если же фамилия возникла в самой Германии, её владелец мог быть мастером в цехе, где «молодой» (Junge) было профессиональным прозвищем ученика или подмастерья. Споров о происхождении почти нет: версия от jung — основная и надёжная, а попытки связать её со славянскими корнями (например, от «юный») лингвистически слабы, так как суффикс -ер нехарактерен для русских фамилий.

Сегодня Юнингер — редкая фамилия даже в Германии, а в России встречается единично. Её носители, скорее всего, потомки тех самых колонистов, сохранивших немецкую фамильную форму через поколения.