По одной из них она образована от имени Юня – производной формы мужского имени Юний (или Иоанн), которое в переводе с древнееврейского означает «милость Божья». В таком случае можно предположить, что основатель рода Юниных был выходцем из рабочей или крестьянской среды. Согласно другой, менее правдоподобной версии, основой фамилии могло стать женское имя Юна, которое переводится с латинского как «единственная». Существует также гипотеза, согласно которой фамилия Юнин образована от прозвища Юня, которое восходит к прилагательному «юный». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Юня, со временем получил фамилию Юнин.