По одной из них она образована от имени Юня – производной формы мужского имени Юний (или Иоанн), которое в переводе с древнееврейского означает «милость Божья». Согласно другой, менее правдоподобной версии, основой фамилии могло стать женское имя Юна, которое переводится с латинского как «единственная». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Юня (Юна), со временем получил фамилию Юнина.