Фамилия Юнкина восходит к женскому имени Юна, которое переводится с латинского как «единственная». В основе же фамилии лежит производная форма этого имени — Юнка. Согласно другой версии, фамилия Юнкина образована от мужского крестильного имени Юний (или Иоанн), которое в переводе с древнееврейского означает «милость Божья». Менее вероятно, что эта фамилия происходит от прозвища Юнка, которое ведет свое начало от украинского прилагательного «юний» - «молодой» или «юнка» - «молодая девушка». В результате, потомок женщины, обладающей именем Юна, со временем получил фамилию Юнкина. Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Юнкиных можно лишь на основании генеалогических исследований.