Фамилия Юныкина — женская форма фамилии Юныкин. Её основа, скорее всего, восходит к нецерковному имени или прозвищу Юныка. В русской ономастике суффикс -ык- (или -ик-) нередко служил для образования уменьшительно-ласкательных или прозвищных форм личных имён. В данном случае Юныка могло быть производным от имени Юна или Юний — редких, но фиксируемых в святцах имён латинского происхождения (от лат. Junius, «юный»). Однако более вероятен бытовой путь: Юныка — это просторечная форма от имени Иуния (женского варианта мужского Иуний) или от слова «юный» в значении «младший, молодой человек». В крестьянской среде прозвище Юныка могли дать самому младшему сыну или подростку, чтобы отличать его от старших родственников.

Модель фамилии — типичная для севера и северо-востока России. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Юныкин, то есть сын или потомок Юныки. Такие фамилии чаще всего возникали в XVI–XVII веках в среде черносошных крестьян и посадских людей, где отчество на -ин закреплялось за целым родом. В отличие от дворянских фамилий на -ов, эта модель была демократичной и массовой.

Географически фамилия Юныкин (и её женская форма) редкая. Её можно встретить в Вятском регионе и в бассейне Камы — местах, где активно шло заселение и где прозвища на -ыка были особенно распространены. Встречается она и у староверов, которые часто сохраняли архаичные формы словообразования.

Сравните с однокоренными фамилиями: Юнин, Юнаков, Юнкин. Юныкин стоит особняком благодаря редкому суффиксу -ык-, который в некоторых говорах вытеснял более обычный -к-. Если Юнин могло произойти напрямую от имени Юна, то Юныкин — от более разговорной, «огрублённой» формы, что указывает на недворянское, скорее всего крестьянское или ремесленное происхождение рода.

Споров о значении фамилии почти нет: все версии сходятся на основе «юн-» (молодой, младший). Альтернативная гипотеза — происхождение от тюркского корня (ср. татарское «юн» — шерсть, руно) — маловероятна для русской фамилии с прозрачным суффиксом -ин и без диалектных следов в Поволжье. Поэтому наиболее правдоподобно: предок носителя фамилии Юныкин был просто «молодым», «юнцом», и это прозвище закрепилось за его потомками.