Фамилия Юнякина — женская форма фамилии Юнякин, которая образована по типичной русской модели с суффиксом -ин. Такие фамилии обычно возникали от прозвищ или имён, оканчивающихся на -а или -я: Юняка → Юнякин → Юнякина. Основа здесь — Юняк, а суффикс -ин указывает на принадлежность: «сын Юняки» или «из семьи Юняки».

Само прозвище Юняка, скорее всего, восходит к разговорной или диалектной форме имени Юний или Юнна. В святцах встречается мужское имя Юний (от латинского Junius — «юношеский»), но в народной среде оно могло сократиться до Юня, от которого через суффикс -к- образовали Юняка — ласкательное или обиходное прозвище. Реже основой могло послужить слово «юный» в значении «молодой, неопытный»: так могли прозвать младшего сына или подростка. В говорах слово «юняк» иногда означало «бычок-годовик», что тоже могло стать прозвищем крепкого, упрямого парня.

Географически фамилия Юнякин встречается преимущественно в центральных и поволжских регионах России, особенно в Нижегородской и Кировской областях. Это нечастая фамилия, что говорит о её локальном происхождении: скорее всего, она возникла в одном или нескольких соседних селениях и не получила широкого распространения через дворянские или купеческие линии. Носители фамилии, судя по всему, принадлежали к крестьянскому или мещанскому сословию — фамилии с суффиксом -ин типичны для сельской среды.

В написании фамилии возможны колебания: в старых метрических книгах можно встретить вариант Юнякина (с ударением на второй слог) или реже Юнакина, если произношение сбивалось на «а» в безударном положении. Но корень на «юн» остаётся устойчивым, и этимология прозрачна: перед нами фамилия, которая напрямую отсылает к прозвищу, связанному с молодостью или уменьшительным именем.