По одной из них она образована от имени Юнко – производной формы мужского имени Юний (или Иоанн), которое в переводе с древнееврейского означает «милость Божья». Согласно другой, менее правдоподобной версии, основой фамилии могло стать женское имя Юна, которое переводится с латинского как «единственная». Такие фамилии возникали, когда женщина становилась главой семьи в случае вдовства, тяжёлой болезни мужа или во время его отсутствия дома ввиду долгой службы в армии (во времена рекрутских наборов мужчины были обязаны отслужить в армии 25 лет) Уже в XV–XVI веках в среде богатых людей начинают закрепляться и передаваться из поколения в поколение фамилии, обозначающие принадлежность человека к конкретной семье. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Юнко, со временем получил фамилию Юнкова.