Фамилия Юдингер — редкий для России случай немецкой фамилии, закрепившейся в русском контексте. Её основа — немецкая фамилия Jüdinger или Judinger, которая восходит к названию населённого пункта или к прозвищу. В немецкой ономастике суффикс -inger указывает на происхождение из определённого места: так называли человека, который родом из Юдингена (Jüdingen) — деревни в земле Северный Рейн-Вестфалия. По этой модели образованы сотни немецких фамилий: Кёнигштайн → Кёнигштайнер, Гамбург → Гамбургер. Второй вариант — происхождение от личного имени Jude (в значении «иудей»), но с уничижительным оттенком в средние века; тогда фамилия могла означать «сын Иуды» или «тот, кто держит сторону иудеев». Однако географическая версия правдоподобнее: деревня Юдинген существует с XII века, и для её выходцев фамилия была естественным указателем.

На русскую почву фамилия попала, скорее всего, в XVIII–XIX веках, когда в Россию приглашали немецких колонистов — ремесленников, врачей, офицеров и учёных. Немцы-лютеране, оседавшие в Поволжье, Прибалтике или Петербурге, сохраняли свои фамилии в исходном написании, но при записи в русские документы часто теряли умлаут и меняли окончания. Так Jüdinger превратился в Юдингер — без точки над u, с русским суффиксом -ер, который в немецком является частью корня, а в русском воспринимается как указание на профессию (ср. шахтёр, боксёр). В результате фамилия звучит по-русски как «тот, кто из Юдингена», но для носителя языка ассоциация с «юдой» (иудеем) или даже с «юдиным» (сравните русские фамилии Юдин, Юдичев) возникает спонтанно, хотя этимологически это ложная связь.

В России фамилия Юдингер не получила широкого распространения. Её носители — это, как правило, потомки обрусевших немцев, рассеянные по городам Центральной России, Урала и Сибири. Встречаются единичные записи в метрических книгах лютеранских церквей Москвы и Санкт-Петербурга конца XIX века. В советское время фамилия могла подвергнуться русификации: некоторые Юдингеры меняли окончание на -ов (Юдингеров), чтобы скрыть немецкое происхождение в период антинемецких настроений, но большинство сохранили исходную форму. Сегодня фамилия остаётся редкой — в России её носят не более нескольких сотен человек, и почти все они могут проследить корни до немецких колонистов, прибывших в страну по приглашению Екатерины II или Александра I.