Фамилия Юночкин образована от имени или прозвища Юночка. В русской ономастике это уменьшительно-ласкательная форма от канонического имени Иуда (через народные варианты Юда, Юдка) или, что вероятнее, от имени Юрий (в просторечии Юра, Юрка). Суффикс -очк- в основе указывает на ласкательное обращение — так могли называть младшего сына, любимца или просто ребенка в семье. Фамилии на -ин типичны для северных и центральных областей России, где притяжательная форма «чей?» давала ответ: «сын Юночки».

Есть и вторая, менее распространенная версия: Юночка могло быть прозвищем, данным юноше — молодому парню, подростку. В говорах слово «юноша» иногда сокращалось до «юнка» или «юночка», особенно в псковских и новгородских диалектах. Тогда фамилия Юночкин означала бы «сын юнца» или «сын молодого человека». Такие прозвища часто закреплялись за человеком, который долго сохранял юношескую внешность или, наоборот, был самым младшим в общине.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий XVI–XVII веков: основа на -а/-я плюс суффикс принадлежности -ин. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще образовывались от мужских имен с твердым согласным (Иван → Иванов), -ин присоединялся к основам на -а (Юночка → Юночкин). Это указывает на бытовое, нецерковное происхождение — имя или прозвище использовалось в повседневной речи, а не в документах.

Фамилия редкая. По данным переписей населения, Юночкины встречаются в основном в Вологодской, Архангельской и Костромской областях, что косвенно подтверждает северное происхождение. В дворянских родословных книгах фамилия не зафиксирована — скорее всего, предки были крестьянами или посадскими людьми, получившими фамилию по семейному прозвищу.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» модель с уменьшительным суффиксом -очк- упоминается как типичная для неофициальных имен, которые затем становились фамилиями. Прямого разбора фамилии Юночкин в классических ономастических трудах нет, что делает её хорошим примером народной, «некнижной» этимологии — без привязки к святым или географическим названиям.