Фамилия Юдочкин — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка было образовано от уменьшительной формы крестильного имени, но какой именно — остаётся пространством для догадок. Наиболее очевидная и поддерживаемая большинством ономастов версия: от имени Иуда. В русском обиходе это библейское имя, несмотря на негативный оттенок, употреблялось в народных формах Юда, Юдка, Юдочка (ср. с фамилиями Юдин, Юденков). Уменьшительный суффикс -очк- в основе Юдочк- указывает на ласкательное обращение, возможно, к ребёнку или младшему в семье. Фамилия образована по стандартной модели: от прозвища Юдочка через притяжательный суффикс -ин — «чей?» — Юдочкин, то есть сын или потомок Юдочки.

Менее распространённая, но допустимая версия связывает основу с древнерусским нецерковным именем Юд (или Юда). В старину так могли назвать ребёнка с пожеланием, чтобы он был «юдным» — то есть добрым, милостивым (от древнерусского «юд» — милость, подаяние). В этом случае фамилия выводится напрямую от имени Юда, а форма Юдочка — его уменьшительный вариант, что снимает «неудобное» библейское звучание.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южным регионам России, встречается в старых переписях Воронежской, Тамбовской и Рязанской губерний. В словарях фамилий она нечастотна, что говорит о локальном происхождении — скорее всего, от одного конкретного рода или села, где прозвище Юдочка закрепилось за основателем.

Словообразовательно интересен суффикс -очк- в основе: он характерен для русских прозвищ и имён, но редко становится основой фамилии. Обычно такие формы остаются в кругу домашних имён, а не переходят в официальные фамилии. Юдочкин — исключение, которое показывает, что прозвище могло быть настолько привычным, что вытеснило полное имя.