Фамилия Юдочко звучит на украинский лад и образована с помощью суффикса -ко, очень распространённого в восточной и центральной Украине. Этот суффикс в фамилиях выполнял ту же роль, что и русские -ов/-ев: указывал на принадлежность, родство. Носитель фамилии Юдочко — это, скорее всего, потомок человека по имени или прозвищу Юдок.

В основе фамилии лежит личное имя Юда — народная, разговорная форма крестильного имени Иуда. Хотя в русской традиции это имя приобрело резко отрицательный оттенок из-за евангельского предателя, в украинской и белорусской среде оно бытовало вполне обычно, без негативной окраски. Имя Юда (или Юдко) встречается в старых актовых книгах Речи Посполитой, и фамилия от него могла означать просто «сын Юды» или «человек Юды».

Есть и вторая, менее вероятная версия. В украинских говорах «юдо» могло быть прозвищем человека с каким-то заметным качеством или внешностью, но надёжных лексических подтверждений этому нет. В любом случае, суффикс -ко чётко указывает на украинскую или, реже, белорусскую среду возникновения. Фамилия недвусмысленно говорит о том, что предок носителя жил на территории современной Украины и носил имя или прозвище Юда/Юдок.