Фамилия Юничкин — редкий случай, когда основа, на первый взгляд, интуитивно понятна, но при ближайшем рассмотрении ставит в тупик. Самая распространённая версия отсылает к имени Юний. В римской традиции это родовое имя (nomen), которое в святцах трансформировалось в крестильное имя Юний (с ударением на первый слог). От него через уменьшительную форму Юничка и появился Юничкин. Если следовать этой логике, фамилия означает «сын Юнички» и стоит в одном ряду с Ваничкиным, Петричкиным или Миничкиным — все они образованы от производных канонических имён.

Однако есть и другая, более сложная версия, связанная с географией. В русских говорах слово «юнить» могло означать «молодиться», «бодриться», а в некоторых областях — «высматривать, поглядывать». Прозвище Юничка могли дать человеку подвижному, вечно куда-то спешащему или, напротив, слишком любопытному. В пользу этой гипотезы говорит то, что фамилия встречается в Поволжье и на Урале, где диалектная лексика часто становилась основой для прозвищ.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Юничкин — буквально «чей?» — сын Юнички. Такая модель типична для фамилий, образованных от имён и прозвищ на -а/-я. В дореволюционных метрических книгах эта фамилия почти не встречается за пределами центральных губерний, что подтверждает её недворянское, крестьянское или мещанское происхождение. Носители фамилии, скорее всего, были людьми, которых в общине знали по отцу или деду с необычным прозвищем или именем Юний.

Спорным остаётся ударение. Если исходить из имени Юний, то логично ставить ударение на первый слог: Ю́ничкин. Если же в основе лежит диалектный глагол, ударение может смещаться на второй слог: Юни́чкин. В современных телефонных справочниках встречаются оба варианта, но первый — более вероятен, так как фамилии от церковных имён традиционно сохраняли ударение на корне.